肛周脓肿的危害主要因为是急性感染，因为感染所导致的一系列的身体变化。对局部的影响，肛周局部脓肿破溃可以演变成肛瘘，或者是脓肿往深部发展，甚至有可能往盆腔发展，这种深部脓肿，是不容易发现。而且容易导致感染的急剧扩散，导致整个肛周软组织的广泛炎症。对全身的影响，主要是由于脓肿里面的脓液毒素入血，所诱发一系列的感染中毒症状，甚至有可能导致脓毒性的败血症、感染性休克、多器官功能衰竭等。