肛瘘主要症状为肛瘘外口持续或间断流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。部分较大的高位肛瘘，因无括约肌限制，其瘘外口可有粪便、气体排出。当瘘外口愈合，瘘管中脓肿形成、引流不畅，患者可感觉到明显疼痛，同时可伴全身感染症状，切开排脓后症状缓解。以上症状反复发作、难以自愈是肛瘘最主要的临床特点。