毛细支气管炎的病原主要为呼吸道合胞病毒，可占80%或更多；其它依次为腺病毒，副流感病毒，鼻病毒，流感病毒等；少数病例可由肺炎支原体引起，感染病毒后，细小的毛细支气管充血，水肿，粘液分泌增多，加上坏死的粘膜上皮细胞脱落而堵塞管腔，导致明显的肺气肿和肺不张。炎症平常可累及肺泡，肺泡壁和肺间质，故可以认为它是肺炎的一种特殊类型。