肛门闭锁的原因尚不清楚，但可能与母亲在怀孕期间被细菌、病毒或其他疾病感染。致病菌也可以通过胎盘屏障进入胎儿，导致胎儿感染，从而可能导致胎儿发育停止，导致肛门闭锁。因此，孕妇应注意自我保护，尽量避免生病和服药。这种疾病主要通过手术治疗。肛门闭锁是一种常见的消化道先天性畸形，女性多于男性。