显微手术是临床小儿蛛网膜囊肿手术的主要方法，是指在显微镜或内窥镜的辅助下对蛛网膜囊肿进行解剖和开窗。这两种方法没有什么区别。蛛网膜囊肿和蛛网膜下腔应充分沟通，使囊肿液能通过蛛网膜下腔瘘流出，减轻囊肿液对脑组织的压迫。显微手术是用显微镜头在充分吸取囊液后进行解剖和造口术；内窥镜手术不需要释放囊液，在手术过程中利用平衡液维持蛛网膜囊液中的压力平衡，而内窥瘘管是用于瘘管手术的液体，囊液中的压差变化小，出血或渗出的风险低。