甲状腺过氧化物酶抗体是甲状腺微粒体的主要抗原成份，其功能与甲状腺素的合成有关。抗甲状腺过氧化物酶抗体或抗甲状腺微粒体抗体可能使甲状腺细胞损伤，对甲状腺细胞具有毒性作用，可导致甲状腺细胞合成甲状腺激素的的水平逐渐下降，最终发生甲状腺功能减退。检测抗甲状腺过氧化物酶抗体的方法与抗甲状腺球蛋白抗体类似。测定抗甲状腺过氧化物酶抗体的临床意义与抗甲状腺球蛋白抗体也大致相同。甲状腺过氧化物酶抗体高提示存在桥本甲状腺炎，需要定期复查甲状腺功能。