大血管转位的外科治疗包括姑息性手术和根治性手术：姑息性手术主要是为后期的根治性手术做准备，通常只是分流肺动脉和主动脉；根治性手术包括生理矫正手术和解剖矫正手术(开关手术)。生理矫正手术是将流出心房的血液分开，使其符合正常的血液循环；解剖矫正手术，即主动脉肺动脉交换和冠状动脉再次移植，实现了解剖关系的完全矫正，不同类型的大血管转位有不同的手术时机；新生儿是大血管转位的主要患者，手术治疗的风险很大。降低手术风险和术后辅助治疗将有助于快速度过危险期。